Η μονή Δαφνίου συνδέεται με την Επανάσταση του 1821 μέσω παραδόσεων, σύμφωνα με τις οποίες το μοναστήρι κυριεύτηκε από τους Τούρκους παρά τον ισχυρότατο οχυρωματικό του περίβολο. Η άλωση πραγματοποιήθηκε μέσω αβαθούς πηγαδιού που βρισκόταν έξω από τον περίβολο και συνδεόταν υπογείως με άλλα τρία πηγάδια εντός της μονής. To μυστικό αυτό πέρασμα αποκαλύφθηκε στους Τούρκους από τον μοναχό Παΐσιο. Ο Λαμπάκης διηγείται πώς ακριβώς έγινε η προδοσία:
Η προδοσία
«Λαβών [ο Παΐσιος] κάδον εβύθισεν αυτόν εντός ενός τών φρεάτων της πρώτης αυλής της μονής, αφού ήδη προσέδεσεν ισχυρώς έξωθεν τό σχοινίον του κάδου, συνέθετο δέ μετά τών Τούρκων όπως ουτοί κατέλθωσιν είς τό φρέαρ τό εξω της μονής, είτα δε προχωρούντες υπογείως μεχρισού εύρωσι τόν κάδον, διά του σχοινίου τούτου ανέλθωσιν επί τής αυλής τής μονής, όπερ και εγένετο, και ούτως οι Τούρκοι διά μιάς, εντός τής μονής ευρεθέντες, εγένοντο κύριοι αυτής».
Η Αλωση της μονής Δαφνίου
Αμέσως μόλις εισήλθαν οι Τούρκοι στη μονή, την παρέδωσαν στις φλόγες. To ίδιο φαίνεται πως έκαναν και στον προδότη Παΐσιο. Λέγεται, μάλιστα, πως τα απομεινάρια του καρβουνιασμένου πτώματός του σώζονταν πεταμένα σε μια γωνιά της αυλής μέχρι το 1854, όταν κάποιος συνταγματάρχης της αγγλογαλλικής κατοχής φρόντισε για την οριστική απομάκρυνσή τους.
Αν και η παραπάνω ιστορία ανήκει στη σφαίρα της παράδοσης, η άλωση της μονής από τους Τούρκους θεωρείται γεγονός αδιαμφισβήτητο λόγω του πυκνότατου στρώματος κάπνας που κάλυπτε τα ψηφιδωτά του ναού πριν από τον καθαρισμό τους κατά τη δεκαετία του 1890. Η κάπνα προερχόταν από φωτιά που οι Τούρκοι άναψαν και διατηρούσαν επί τρεις ολόκληρες ημέρες στο εσωτερικό του καθολικού, πιστεύοντας ότι έτσι θα αναλυθεί ο χρυσός των ψηφίδων.
Η χρονολογική τοποθέτηση του παραπάνω επεισοδίου είναι εξαιρετικά δύσκολη, λόγω της έλλειψης ιστορικά τεκμηριωμένων πληροφοριών. Πάντως, η άλωση του μοναστηριού δεν σχετίζεται με την εισβολή του Κιουταχή στην Αθήνα το 1826, τις σημαντικές μάχες που έλαβαν χώρα στο Χαϊδάρι τον Αύγουστο του 1826 και τη μικρότερη μάχη στο Δαφνί στις 21 Μαρτίου 1827. Ο Καμπούρογλου την τοποθετεί στη διάρκεια της εκστρατείας του Ομέρ Βρυώνη στην Αττική το καλοκαίρι του 1821. Η έκβαση της επιχείρησης υπήρξε αρνητική για τους Τούρκους, που απέσυραν τα στρατεύματά τους με αρκετές απώλειες. Έτσι, οι κατακτητές της μονής Δαφνίου την εγκατέλειψαν έχοντας προκαλέσει σημαντικότατες φθορές.
